1990/1991: НАЈБОЉИ ПЛАСМАН У ПРВОЈ ЛИГИ!

Послије једне сезоне проведене у Борцу, Станко Поклеповић је напустио клуб, отишавши у кипарски АПОЕЛ. За насљедника на тренерској позицији именован је Владица Поповић, некадашњи првотимац Црвене звезде и Штутгарта и репрезентативац Југославије. Упркос изостанку позитивног резултата у Новом Саду, Борац је по завршетку посљедњег кола остао на 4. мјесту. Велика четворка југословенског фудбала (Црвена звезда, Партизан, Динамо, Хајдук) била је раздвојена,чиме је бањалучки клуб остварио најбољи пласман у прволигашком такмичењу у клупској историји. Уједно је изборио и наступ у Средњеевропском (Митропа) купу за 1992. годину.

1991/1992: ПОСЉЕДЊЕ ПРВЕНСТВО СФРЈ И МИТРОПА КУП

Одмах по оствареном успјеху, тренер Владица Поповић је одступио са те позиције и преузео бригу над играчима Црвене звезде, у коју се вратио Милорад Ратковић. Дугогодишњи првотимац Дамир Шпица напустио је клуб и договорио сарадњу са грчким Атинаикосом, док је голман Анто Јаковљевић одлучио да обуче дрес Сарајева.

Одмах по завршетку првенства, које су окончали на 8. позицији, фудбалери и тренери Борца кренули су пут Фође, на турнир за трофеј Митропа купа. За титулу су се, осим Борца и домаћина Фође, надметали и представници Мађарске и Чехословачке, Вашуташ (Будимпешта) и Дунајска Стреда. Противник у одлучујућој утакмици за титулу, 29. маја, био је Вашуташ, са којим су „црвено-плави“ ремизирали резултатом 1:1. У финалу је Борац стекао вођство поготком Филиповића у 7. минуту. Стечену предност бањалучки тим је чувао све до 63. минута, када је лопту иза леђа Симеуновића послао Олександр Никифоров. Резултат 1:1 био је на снази и након 90. минута, па се, као и два дана раније у полуфиналу, приступило пеналима. Четврту серију почео је Билбија поготком за 4:3, након чега је Симеуновић одбранио ударац Хусака, а потом на почетку пете серије одвео Борац до трофеја.

1992/1993: ПРВА СЕЗОНА У САВЕЗНОЈ РЕПУБЛИЦИ ЈУГОСЛАВИЈИ

У другој половини јуна 1992. године обављене су бројне промјене када је ријеч о тренерском кадру. На челу стручног штаба сениорске екипе остао је Зоран Смилески, а за његовог првог помоћника одређен је Ненад Гавриловић.

Борац и ФСЈ послали су заједнички допис према FIFA, тражећи информације о статусу клуба који „жели да настави такмичење у Југославији, а не живи на тлу Југославије“. Из Борца су се, у допису позвали на статус Дери ситија, клуба из Сјеверне Ирске, који је наступао у фудбалским ранговима Републике Ирске. Одличне вијести за Борац стигле су недуго касније из UEFA. Европска фудбалска федерација огласила се саопштењем, које су потписали предсједник Апелационе комисије Леон Штресл и аташе за штампу Рене Еберле, у којем је наглашено да бањалучки клуб може да настави са такмичењем у југословенској лиги. „Сви клубови из Босне и Херцеговине и Македоније, правно, и даље су чланови Фудбалског савеза Југославије. Ко год од њих изрази жељу да игра у првенству Југославије, може без проблема да се укључи у такмичење. Пошто фудбалски савези Босне и Херцеговине и Македоније нису примљени у UEFA, не могу да оснивају своју лигу и без дозволе ФСЈ не могу да играју међународне пријатељске утакмице“, истакнуто је тада из сједишта UEFA. Из Свјетске фудбалске федерације, међутим, стигло је негативно мишљење. На засједању у Барселони, FIFA је донијела одлуку о забрани наступа клубовима из БиХ у лигама Југославије. У телеграму који је на адресу ФСЈ послао генерални секретар FIFA Јозеф „Сеп“ Блатер, наведено је: „С обзиром на чињенично стање, FIFA не може дати дозволу за одигравање утакмица, ни клубова ни репрезентација, Савеза Босне и Херцеговине ван његове територије. Што се тиче Македоније, молимо вас да примите к знању да FIFA ову област сматра дијелом територије, која је под јурисдикцијом вашег савеза.“ Управа Борца није се помирила са ставом FIFA, па је тако на адресу Свјетске фудбалске федерације упутила детаљно објашњење свог положаја и статуса, као и актуелних збивања у Босни и Херцеговини. Тих дана, Борац је поднио захтјев за пререгистрацију, како би и са административне стране имао право наступа у Првој лиги СРЈ. За сједиште клуба одређен је Београд, име главног града је додато уз назив Борац, док су клупске просторије биле смјештене на стадиону Црвене звезде. Борац Београд је, као 264. клуб на територији овог града, регистрован на сједници комисије Фудбалског савеза Београда. Крајем мјесеца, FIFA је на адресу ФСЈ послала телефакс, који је потписао Јозеф „Сеп“ Блатер, а у којој је наведено да се Борцу, сходно пререгистрацији клуба на тлу СРЈ, дозвољава играње у прволигашком рангу.

Један од најважнијих дана у историји спорта Републике Српске био је 5. септембар 1992. године. Тог дана је у Бањалуци формиран Фудбалски савез Српске Републике (ФС РС).

Након испадања из најјачег југословенског друштва, тренинзи су настављени на бањалучком Градском стадиону.

1995/1996: СРПСКА ЛИГА БЕОГРАД, ПРВА ЛИГА РЕПУБЛИКЕ СРПСКЕ

Сходно испадању из Друге Б савезне лиге, Борац је, према слову пропозиција, морао да се пресели у Српску лигу Сјевер – група Београд. Дуго се, међутим, бањалучки клуб колебао да ли да настави такмичење у СРЈ или не, након чега је ФСС Борчево мјесто у лиги попунио БАСК-ом, као 18. учесником лиге. Када је Борац, међутим, уз сагласност Спортског савеза Републике Српске, донио одлуку о наступу у Српској лиги, Извршни одбор сазвао је ванредну сједницу, на којој је договорено да Борац постане 19. члан такмичења. Када је ријеч о мјесту одигравања домаћих лигашких утакмица, договорено је да Борац буде домаћин на стадиону ПКБ-а у Падинској Скели. Борац је 19. и 21. септембра требало да се састане са Трудбеником и Сремчицом. Међутим, с обзиром на војно-политичку ситуацију у Републици Српској и чињеници да су пунољетни играчи морали на ратиште, од одигравања наредних утакмица није било ништа. Поменути мечеви регистровани су службеним резултатом у корист противника, порази у сусретима са Звездаром и Колубаром су избрисани из евиденције, а Борац је дефинитивно елиминисан из Српске лиге.

Почетком децембра, договорени су коначни датуми одигравања финалних утакмица Купа Републике Српске између Борца и Рудар Приједора. На двочасовном састанку чланова Извршног одбора ФС РС, договорено је да се финални двомеч одигра 16. и 20. децембра, уз домаћинство „рудара“ у првом одмјеравању снага. Поднесена је, такође, и информација о систему такмичења у Републици Српској, па је тако почетак прве, историјске сезоне у Првој лиги РС био планиран за март 1996. године. Рудар Приједор и Борац састали су се тако у граду на Сани само два дана након што је у Паризу свечано потписан Дејтонски споразум, којим је окончан рат. На трибинама Градског стадиона у Приједору окупило се 5.000 гледалаца, а меч је завршен резултатом 2:2.

Градски стадион нашао се под сњежним покривачем, да би на крају одлучујућа борба за трофеј морала да буде пролонгирана због густе магле. Одбор за хитна питања ФС РС утврдио је да не постоје услови за одигравање утакмице. Са таквим ставом сагласни су били и главни судија Божо Лазић (Добој) и делегат Мирко Поњарац (Српско Сарајево), па је на крају одлучено да се утакмица одигра 23. децембра. Градски стадион у Бањалуци примио је тог дана чак 20.000 навијача, а побједнички трофеј је завршио у рукама играча Борца, који су у сјајној утакмици стигли до побједе резултатом 3:2.

1997/1998: ЈЕДИНСТВЕНА ПРВА ЛИГА РЕПУБЛИКЕ СРПСКЕ

Средином 1997. године формирана је јединствена Прва лига Републике Српске. Такмичење више није било подијељено на источну и западну групу, већ се 18 тимова у двокружном формату (34 кола) борило за бодове и титулу.

Од својих навијача и треће прволигашке сезоне у Републици Српској Борац се опростио побједом. Дочекао је екипу Сарајева и погоцима В.Чолића и Секулића тријумфовао резултатом 2:0. Била је то 18. побједа Борца, који је уз још 4 неријешена резултата и 12 пораза, прву јединствену лигу Републике Српске завршио на 2. позицији.