2000/2001: ШАМПИОНИ РЕПУБЛИКЕ СРПСКЕ!

Прволигашко такмичење у Републици Српској за сезону 2000–2001. смањено је на 16 клубова.

Крајем јануара 2001. године, донесена је једна од најважнијих одлука када је ријеч о фудбалским такмичењима у Босни и Херцеговини. Представници ФС РС и ФС БиХ одржали су састанак у Сарајеву, на којем је дефинисано да се полуфиналисти Купа Републике Српске за сезону 2000–2001. придруже такмичењу у Купу БиХ, у којем су још остали Сарајево, Жељезничар, Посушје, Широки Бријег, Кисељак, Челик, Травник и Зрињски. На тај начин, клубови из Републике Српске добили су прилику да се боре за мјесто у европским такмичењима. Дуел најбољих клубова Републике Српске и СРЈ привукао је око 20.000 навијача, а завршен је минималном побједом београдске екипе (0:1), захваљујући поготку Јелића из 25. минута. Меч са Црвеном звездом био је посебан за Милорада Билбију, који је тог дана званично ставио тачку на играчку каријеру.

Уз овације са трибина, Билбија је игру напустио у 10. минуту, препустивши мјесто на терену Грујићу.

У својој првој шампионској сезони Прве лиге Републике Српске, Борац је остварио 20 побједа, 3 неријешена резултата и 7 пораза. Постигао је највише (66) и примио најмање (22) погодака и, уз чак 12 бодова предности, у односу на посљедњег ривала у сезони постао најубједљивији освајач титуле од формирања јединствене Прве лиге Републике Српске

2002/2003: ПРВА ПРЕМИЈЕРЛИГАШКА СЕЗОНА НА НИВОУ БИХ

Након што је са Борцем заузео треће мјесто у Првој лиги Републике Српске и изборио наступ у Премијер лиги БиХ на нивоу цијеле државе, Зоран Смилески је напустио тренерску позицију.

Прву премијерлигашку утакмицу у клупској историји Борац је одиграо 3. августа 2002. године. Гостовао је екипи Рудара из Угљевика и забиљежио побједу (1:2).

На крају прве такмичарске године у Премијер лиги БиХ, „црвено-плаве“ је чекало гостовање у Жепчу. Дуел са истоименим домаћином завршен је резултатом 1:1, послије чега је Борац сезону завршио на 7. мјесту, уз 54 бода. Испред бањалучког тима, нашли су се Леотар као први шампион заједничке Премијер лиге БиХ (85), Жељезничар (82), Сарајево (69), Широки Бријег (68), Челик (58) и Слобода (54).

2008/2009: БОРАЦ ЗАСТАО НА КОРАК ОД ЕВРОПЕ

Вративши се у Премијер лигу БиХ, Борац је добио новог директора. Недуго након што је сјео у фотељу, Ранко Рачић поднио је оставку на ту функцију, а наслиједио га је Дамир Шпица.

Јагодић је на клупи дебитовао 20. септембра, када је Борац на Градском стадиону, у оквиру седмог кола, надиграо и поразио екипу Травника, резултатом 3:1.

Борац је подјелом бодова са Славијом изгубио шансе да се нађе на европској сцени. Тако су „црвено-плави“ на „Билино поље“ и дуел са Челиком, одигран 23. маја, отпутовали без резултатског императива. На крају сезоне, стигли су до побједе послије преокрета (1:2), погоцима Рашевића и Билбије, и на достојан начин ставили тачку на такмичарску годину у којој су остварили најбољи пласман у Премијер лиги БиХ од оснивања такмичења на нивоу цијеле државе.

2009/2010: БОРАЦ ОСВОЈИО КУП БИХ

Након што је са „црвено-плавима“ остварио најбољи премијерлигашки пласман у историји, Владо Јагодић није наставио мандат на тренерском кормилу. Није дошло до договора са клупским руководством по питању наставка сарадње, па је Јагодића на мјесту шефа стручног штаба замијенио Велимир Стојнић, селектор кадетске репрезентације Босне и Херцеговине и тренер омладинских селекција бањалучког премијерлигаша.

Подвиг је украшен освајањем Купа, првог трофеја за Борац на нивоу БиХ од формирања заједничких такмичења. Марићев тим је на препуној „Грбавици“, на којој се скупило 15.000 навијача, ремизирао са Жељезничаром резултатом 2:2 и захваљујући већем броју постигнутих погодака у гостима потврдио мјесто у 2. колу квалификација за Лигу Европе.